Sim. A opção pelo débito automático pode ser feita no próprio serviço de parcelamento.
Para mais informações, clique aqui no manual de Parcelamento de débitos do MEI. clicando aqui
IMPORTANTE!
|| Para fazer o débito automático é necessário que o parcelamento já esteja validado, com o pagamento da primeira parcela, então, você deve pagar, normalmente, a primeira parcela, aguardar alguns dias para a situação do parcelamento ser atualizada para 'em parcelamento' para depois fazer a opção pelo débito automático.