Sim. A opção pelo débito automático pode ser feita no próprio serviço de parcelamento.

Para mais informações, clique aqui no manual de Parcelamento de débitos do MEI. clicando aqui

IMPORTANTE!

Para fazer o débito automático é necessário que o parcelamento já esteja validado, com o pagamento da primeira parcela, então, você deve pagar, normalmente, a primeira parcela, aguardar alguns dias para a situação do parcelamento ser atualizada para "em parcelamento" para depois fazer a opção pelo débito automático.
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