Você deve emitir CT-e quando houver operações de transporte intermunicipal e interestadual. Ou seja, quando o transporte da mercadoria for feito para fora do município de origem da carga.
Neste caso, a mercadoria deve ser acompanhada do Documento Auxiliar de Conhecimento de Transporte Eletrônico (DACTE). Ele é a impressão do CT-e, onde constam as informações e será solicitado em caso de fiscalização.
Nos casos em que o transporte é realizado dentro da cidade de origem, deve-se emitir uma Nota Fiscal de Serviço (NFS-e).